北交所交易费率整体由券商佣金、交易所经手费、过户费、印花税四大类构成，其中经手费、过户费、印花税为全市场统一的固定规费，无法随意调整，只有券商佣金可以和开户券商协商下调，综合交易成本整体高于沪深A股主板市场。
北交所交易经手费是交易所直接收取的核心费用，现行标准为成交金额的万分之1.25双向收取，也就是买卖股票都会计费，该费率从2023年8月28日正式落地执行至今没有调整。这笔费用大多内嵌在券商佣金当中，不会在交割单上单独扣费，很多投资者容易忽略，对比沪深主板万分之0.341的经手费，北交所该项规费大约是主板的3.7倍，也是北交所交易成本偏高的主要原因。另外北交所可转债经手费按照普通股标准减半收取，股份协议转让同样双边计费，单笔单向经手费设有10万元的收费上限。
过户费由中国证券登记结算公司统一收取，北交所目前执行成交金额万分之0.1双向收取的规则，买入和卖出环节都会产生过户费，十万成交额单次买卖合计仅需2元，整体费用偏低。这项收费从2022年4月29日下调后保持至今，券商没有权限修改费率标准，只有北交所场内ETF基金交易免收过户费，个股交易无法减免。印花税属于国家法定税收，只在卖出股票时单边收取，费率固定为成交金额万分之五，买入环节不征收印花税，也是每笔卖出交易里占比偏高的一项支出。
券商佣金是投资者唯一可以自主协商调整的费用，监管规定北交所佣金上限为成交金额的千分之三，买卖双向收取，同时设置单笔交易最低5元的收费门槛。多数券商线上自助开户的默认佣金在万分之六左右，提前联系客户经理申请调整后，普通投资者大多可以调到万分之2.5至万分之3，资金体量较大、交易频次高的交易者，还能申请到更低的全佣费率。这里需要区分全佣和净佣，全佣佣金已经包含北交所经手费，净佣则会在佣金之外额外叠加规费，同等数字费率下净佣的实际交易成本会更高。
在实际交易过程中，北交所个股涨跌幅限制为30%，波动幅度更大，叠加相对更高的经手费，短线频繁换手很容易被手续费蚕食收益。小额交易时5元最低佣金门槛会进一步抬高成本，大额交易的成本差距则主要来自经手费的差额。投资者可以在交割单中拆分核对佣金、经手费、过户费、印花税的扣费明细，合理控制交易频率，同时在开户阶段协商好佣金费率，能够有效压缩整体交易损耗。
